鉴别尖锐湿疣的方法有以下几种：
一、生殖器鳞状细胞癌
多见于40岁以上的人，无不洁性交史，损害浸润明显，质坚硬、易出血，常形成溃疡，组织病理检查可以确诊。
二、扁平湿疣
属二期梅毒疹，为发生于生殖器部位的肥厚性斑块，表面扁平而糜烂，可有密集颗粒呈乳头状、菜花状，基底宽阔，暗视野检查可查到梅毒螺旋体，梅毒血清反应强阳性。
三、生殖器鲍温样丘疹病
为多发性小的红褐色丘疹，直径2～10mm，可融合成斑块。损害位于男性的龟头、阝月茎干、女性的肛周和阴唇等部位，多见于40岁以下性活跃的人群。临床上像尖锐湿疣而组织学上类似鲍温病。损害可自行消退。
四、假性湿疣
主要发生于女性小阴唇，特别是小阴唇内侧和阴道前庭，呈对称密集分布的直径1～2mm的白色或淡红色小丘疹，表面光滑，宛如鱼子，有些亦呈息肉状。无明显自觉症状，偶有瘙痒。组织病理检查见表皮角质层轻度灶性角化不全、棘层不规则增厚，表皮细胞胞浆丰富，淡染，未见空泡化，真皮浅层毛细血管扩张、充血、周围有稀疏炎症细胞。
五、阝月茎珍珠状丘疹
为环绕阝月茎冠状沟的小珍珠状丘疹，圆锥状、球状或不规则形，直径约1～2mm，沿冠状沟排列成一行或数行，互不融合，无自觉症状。
