典型的尖锐湿疣一般不需做实验室检查即可做出诊断。当患者症状不典型，部位不典型，特别是妇女，其阴道口可有类似于尖锐湿疣的假性湿疣，需做实验室检查以明确诊断。尖锐湿疣常用的实验室检查如下。
(1)醋酸白试验：在可疑病损处用3%～5%醋酸外涂疣体2～5分钟（肛周病损15分钟)，如果见病灶部位皮肤黏膜变白，即为醋酸白试验阳性，可作为尖锐湿疣的诊断依据之一。本试验的原理是蛋白质与醋酸凝固变白的结果，HPV感染细胞产生的角蛋白与正常的未感染上皮细胞产生的不同，只有前者才能被醋酸脱色。此试验敏感性较高，偶尔在上皮增厚或外伤糜烂处出现假阳性，但假阳性变白其界限不清或不规则。
(2)细胞学检查：取阴道、宫颈等部位的湿疣组织做成涂片，作PAS染色。在涂片中可以见到两种细胞，一种细胞的核周围有晕环，它占据了细胞浆的大部分，将细胞浆压缩到边缘呈浓缩状，此种细胞称为空泡化细胞，它来源于浅层的鳞状上皮细胞，另一种细胞称为角化不良细胞，可单个或成堆分布，胞浆呈橙红色至淡黄色，核小而致密。在尖锐湿疣病的涂片中这两种细胞常可混合存在。
(3)病理活检：主要为角化不全，棘层肥厚，乳头瘤样增生，表皮突增厚延长，其增生程度可似假性上皮瘤样。其特点为颗粒层和棘层上部出现凹空细胞。这些空泡化细胞较正常细胞大，核浓缩，核周围有透亮晕。
(4)免疫组织学检查：常用过氧化物酶抗过氧化物酶方法，显示湿疣内的病毒蛋白，以证明湿疣损害中有病毒抗原。HPV蛋白阳性时，尖锐湿疣的浅表上皮细胞内可出现淡红色的弱阳性反应。
(5)组织化学检查：取少量病损组织制成涂片，用特异抗人类乳头瘤病毒的抗体作染色。如病损中有病毒抗原，则抗原抗体结合。在过氧化物酶抗过氧化物酶方法中，核可被染成红色。此法特异性强且较迅速，对诊断有帮助。
(6)基因诊断：目前，HPV很难用传统的病毒培养及血清学技术检测，主要实验诊断技术是核酸杂交。近年来发展的PCR方法具有特异、敏感、简便、快速等优点，为HPV检测开辟了新途径。
