尖锐湿疣组织病理检查可见表皮角化过度伴有角化不全，棘层肥厚，表皮突增厚延长，假性上皮瘤样增生，表皮与真皮之间界限清楚。最具特征性的组织病理表现为角质层、颗粒层和棘细胞层上部有凹空细胞，其细胞增大，胞浆颜色淡，中央有大而圆，着色深的核。真皮水肿、毛细血管扩张、血管周围有较致密的慢性炎症细胞浸润，主要是淋巴细胞及组织细胞。
凹空细胞有圆形、类圆形、不规则形。由于胞浆细胞器聚集在细胞周围而其余部位胞浆清楚，因而核周有空晕，说明有人乳头瘤病毒感染。凹空细胞是HPV感染后的一种变性细胞，共有四型。
巨大型尖锐湿疣表现为表皮角化过度，角化不全，棘层肥厚，表皮突下延呈假上皮瘤样增生，表皮有核丝分裂相，易与鳞状细胞癌相混，故需多次活检。若有缓慢发展之倾向，则为一种低度恶变的过程，即所谓疣状癌。
